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教育部全面清查出資成立的財團法人基金會，意外發現財團法人大學入學考試中心基金會在民國八十八年修正捐助章程，將「教育部和公立大學」剔除，卻未在函報教育部的公文中明確載明，認為大考中心紀錄不實，有「偽造文書」之嫌。


民國八十一年基於教育改革，四十八所大學院校擬各出廿萬元，共計九六○萬元，加上教育部四○萬元，合計一千萬元成立文教基金會。但因屏東師院等五、六所學校以審計部有意見為由要求退回，最後廿二所私大各出四○萬元，外加兩所公立大學清華、陽明，湊成一○二六萬元基金成立。大考中心發言人李鍾元說，當時教育和多數公立大學確實沒出資捐助。後來，教育部在八十八年修正《文教財團法人監督準則》為《教育部主管教育事務財團法人設立許可及監督準則》，因應法令調整，大考中心為順勢修正捐助章程，拿掉「教育部及公私立大學暨獨立學院共同捐助」字眼。


教育部社教司副司長翁榮銅指出，當時大考中心修改捐助章程並未具實向部裡說明，公文紀錄也「沒有呈現」。但大考中心歷次向法院做法人登記時，捐助方法仍明列「教育部及公私立大學暨獨立學院共同捐助」。


教育部長杜正勝更重話批評，當時廿多所大學捐助的一千多萬元根本不能做事情，教育部出資五億，和私大相比等於五十比一，大考中心卻將教育部和公立大學「拿掉」，「有偽造文書之嫌」。再者，教育部僅有一席董事，相對於私校所佔席次，大考中心董事席次分佈不合理。


李鍾元指出，教育部四月廿六日即來文要求「主動繕正」捐助章程，恢復原來「教育部及公私立大學暨獨立學院共同捐助」。但大考中心忙於辦理大學指考，可能要十月才召開董事會討論此案。