影片围绕一位人类大兵的生活展开，讲述了沉睡的古代巨型怪兽被人们意外唤醒，醒来后的怪兽展现出强大的破坏能力，它的存在也震惊了世界。影片同时强调了原子弹对生物带来的直接影响。
新哥斯拉-官方海报概念稿等
新哥斯拉-官方海报概念稿等(15张)
1954年，美国发现因为核武器而被唤醒、具有超强破坏力的巨兽“哥斯拉”，并试图使用核弹将哥斯拉消灭，然而最后只能使哥斯拉沉睡在太平洋深处。以后各国便联合展开所谓“帝王计划”，以研究彻底消灭怪兽之方法。1999年，菲律宾某矿区发生地震，参与“帝王计划”的学者芹泽市朗前往调查，在陷坑中发现了虫形怪兽“MUTO（穆托）”的石化卵囊，还发现有只孵化的穆托已经逃逸。同年，日本一所核电厂，因为未知原因的地震引发辐射外泄，工程师乔·布罗迪的妻子遇难。
15年后，乔·布罗迪的儿子福特，现为美国海军中尉，专长为拆弹爆破。某日，福特接到日方的来电，他的父亲因擅闯废核电厂管制区遭逮捕，需要亲人前往保释。原来乔15年来一直执著在辐射外泄真相的追查，为此与试图忘却丧母伤痛的福特渐渐疏远，妻子艾丽鼓励福特前往日本顺道修补父子关系。
将父亲保释出后，福特在乔的说服下，两人前往废核电厂管制区寻找证据遗物，却赫然发现早已没有辐射污染。
人类剧照
人类剧照(10张)
乔和福特顺利找到证物，却在归途中被军人抓捕，押送到核电厂废墟后面隐藏的一个基地。而这个基地是“帝王计划”的研究场所，研究一个穆托的蛹，并设法困住它。领队芹泽得知乔曾是核电厂的工程师，听闻乔和保安的对话，以及从他身上搜出 ...
